‘瓶中的小人’是本世界的BOSS與幕後主謀，它并不是人類。
四百年前，古王國‘賽爾克塞斯’王室為追求永生而制出瓶中的小人，是用劇情主角的父親馮·霍恩海姆的血合成。
為了感激馮·霍恩海姆的‘生育之恩’，瓶中的小人教授給馮·霍恩海姆煉金術。
古王國‘賽爾克塞斯’的王室想得到永生的方法，所以命令瓶中的小人創造出這種方法。
瓶中的小人答應了，可它有自己的陰謀，它欺騙古王國‘賽爾克塞斯’的王室，在古王國‘賽爾克塞斯’内布置了一個大型煉成陣，将所有國民都煉成賢者之石。
得到一大塊賢者之石的瓶中小人變的強大，它将自己煉成人造人，模樣與馮·霍恩海姆相同。
馮·霍恩海姆本是古王國‘賽爾克塞斯’的奴隸，名叫23号，不過瓶中小人給馮·霍恩海姆取了名字，并幫馮·霍恩海姆重新煉成身體，讓馮·霍恩海姆獲得永生，并容顔永駐。
隻要瓶中小人不死，馮·霍恩海姆就能一直活着。
馮·霍恩海姆開始流浪，就像一個無處安身的幽魂，他已經長生不老，沒什麼可追求的。
流浪了380年後，馮·霍恩海姆遇到了一名女子，馮·霍恩海姆感覺現在的生活太過無聊，他決定成立一個家庭。
家庭成立，馮·霍恩海姆雖然長生不老，可他依然是正常人類，所以他和名女子結合後，那名女子産下兩子，分别名為愛德華·霍恩海姆、阿爾馮斯·霍恩海姆。
在兩兄弟幼年期間，馮·霍恩海姆厭倦了現在的生活，再次出去流浪。
兩兄弟的母親沒過多久病逝，愛德華·霍恩海姆對父親抛棄妻子的行為産生憎恨，從此改名，改用母親的姓氏，名為愛德華·艾爾利克，其弟也改名為阿爾馮斯·艾爾利克。
兩兄弟幼年就外出學習煉金術，煉金術有一個禁忌，那就是不能人體煉成。
年幼的兩兄弟顧不上這些，他們要複活母親，所以進行了人體煉成。
人體煉成的材料很簡單，隻需要小孩子的零花錢就足以購買材料，可兩兄弟并不知道，人體煉成最需要的東西是人類的靈魂，沒有靈魂就算煉成軀體也毫無用途。
兩兄弟沒能煉成他們的母親，不僅如此，哥哥愛德華·艾爾利克失去了一條腿，弟弟更是失去了全部身體。
其實他們的人體煉成成功了，可煉成的并不是他們的母親，而是弟弟阿爾馮斯·艾爾利克。
阿爾馮斯·艾爾利克的損失要比他哥哥慘重，他失去了整個屍體，靈魂被抽離出，強行塞入那具煉成的軀體内。
靈魂與軀體是有默合度的，默合度不足就會排斥，就在弟弟阿爾馮斯即将死亡時，哥哥愛德華·艾爾利克用一條手臂為代價，将弟弟的靈魂固定在一副全身铠甲上。
兩兄弟逐漸長大，哥哥成了鋼之煉金術師，用機械義肢取代失去的手臂與一條腿，為了找回兩人的身體，哥哥甘願成為國家的鷹犬，成了國家煉金術師，兩兄弟開始了找回身體的旅途。
禁忌不可觸犯，所有觸碰禁忌的人都沒有好下場。
軀體、靈魂、精神缺一不可，更重要的是，人死不能複生，這是鋼煉世界的鐵律，是世界的意志。