了足量的電磁脈沖，這些電磁脈沖在行星哥斯拉的體内轉換成了電磁波把行星哥斯拉變成了一個功率巨大的微波爐，巨量的電磁波正在源源不斷制造熱量。
面對這極端的高溫，無論是秃鷹戰機還是增殖都市的武器根本不可能靠近。
此刻，擺在眼前的隻有兩條路：一是靜待行星哥斯拉從沉睡中醒來，待其體内過剩的熱能轉化為能量射線并噴發而出時，但是增殖都市可能會因此而毀滅，同時，這意味着此次行動以失敗告終，且再無應對行星哥斯拉的方法。
二是冒險沖入高溫區域，主動引發行星哥斯拉體内的能量爆炸，以期将其徹底消滅。
但行星哥斯拉體表溫度極高，即使有秃鷹戰機的保護，人類那脆弱的碳基生物軀體也難以承受。
唯有與構成秃鷹戰機的納米金屬同化，才有一線生機。
可同化之後，人類還能保持自我嗎？晴生陷入了深深的糾結與抉擇之中。
可惜，畢魯薩魯多指揮不願意給晴生時間猶豫，而是立刻通過自己駕駛的秃鷹戰機發出指令，讓納米金屬強行侵蝕同化自己、晴生和那個不知名龍套。
很快，随着交流頻道裡畢魯薩魯多指揮和不知名龍套的慘叫，畢魯薩魯多指揮與不知名龍套完成了同化，晴生在被納米金屬包裹馬上要被侵蝕同化的時候，納米金屬突然停止動作。
晴生掙脫納米金屬的包裹，像是碎片一樣的納米金屬從晴生身上脫離，晴生低頭檢查，原來是自己身上塗抹的魔斯拉鱗粉保護了自己不被納米金屬侵蝕同化。
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就在晴生懵逼的時候，艾克西夫人梅德菲斯偷偷給晴生打來通訊。
梅德菲斯警告晴生，如果增殖都市消滅了行星哥斯拉，那麼增殖都市下一步就是用納米金屬侵蝕同化整個地球。
聽完梅德菲斯的警告，晴生經過權衡利弊，作出決斷，阻止納米金屬吞噬同化地球。
晴生操縱秃鷹戰機，把槍口對着另外兩架秃鷹戰機，将它們擊落。
接着調轉槍口，開始攻擊增殖都市的控制中心。
随着控制中心的毀滅，增殖都市停止運轉。
此時，通體橘紅點綴黑色如同岩漿構成的行星哥斯拉蘇醒了過來。
宛如岩漿巨獸的行星哥斯拉就像從地獄深處爬出來的惡魔一般，面容猙獰恐怖，令人毛骨悚然。
當它開始積蓄力量準備發射荷電粒子炮時，原本藍色的等離子能量光圈竟然變成了深紫色。
緊接着，一道同樣是深紫色的荷電粒子炮噴湧而出，如同一道毀滅之光，瞬間将增殖都市籠罩其中。
轟！伴随着荷電粒子炮的肆虐，爆炸聲此起彼伏，增殖都市中的建築和設施紛紛被摧毀，化為一片廢墟。
随着荷電粒子炮的釋放，行星哥斯拉體内的能量得到了宣洩，身體溫度開始逐漸下降。
當增殖都市最終被行星哥斯拉的荷電粒子炮徹底摧毀時，整個城市已經變成了一片荒蕪的廢墟。
就連構建這座增殖都市的無數納米金屬也被荷電粒子炮湮滅，徹底消失。
存在了兩萬年的增殖都市除了人類的記憶和荒涼的空地，再無存在過的證據。
當行星哥斯拉身體裡的能量被宣洩一空，行星哥斯拉也恢複到了最初的形态，仿佛什麼都沒有發生過。
然而，可能是由于過高的溫度對其身體組織造成了極大的損傷，行星哥斯拉在毀滅增殖都市後，再次陷入了沉睡之中。
或許它需要時間來恢複和積攢能量，又或許是為了養傷。
但無論如何，人類針對行星哥斯拉的第二次作戰以失敗告終。
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