《星際流浪者》在人類和艾克斯人努力合作的時候，一個隐藏在暗處的陰謀正在悄然醞釀。
地球聯合政府中的某些高層，表面上支持與艾克斯人的合作，暗地裡卻打着自己的算盤。
他們觊觎艾克斯人的先進技術，妄圖将其據為己有，然後利用這些技術來鞏固自己在地球以及整個星系的統治地位。
這些心懷不軌的人開始秘密組建自己的勢力，他們招募了一批對艾克斯人懷有敵意的科學家和軍事人員，在一個偏遠的星球上建立了一個秘密基地。
在這裡，他們進行着各種危險的實驗，試圖破解艾克斯人的技術。
與此同時，艾克斯人也察覺到了一些異常。
他們發現自己的一些技術資料莫名失蹤，而且在一些地方出現了奇怪的能量波動。
艾克斯人的首領決定派遣一支小隊進行調查。
傑克和他的探險隊也得知了這些傳聞。
他們決定深入調查，找出真相。
在調查的過程中，他們發現了那個秘密基地的存在。
傑克和他的隊員們小心翼翼地潛入了基地。
他們發現，這裡的實驗己經進入了危險的階段。
那些科學家們為了追求強大的力量，不惜犧牲一切。
就在傑克他們準備收集證據的時候，基地的警報突然響起。
原來，他們的行蹤被發現了。
一群全副武裝的士兵向他們沖了過來。
傑克和他的隊員們奮起抵抗。
他們利用自己的戰鬥技巧和先進的武器，與士兵們展開了激烈的戰鬥。
在戰鬥中，傑克發現這些士兵似乎受到了某種控制，他們的行為非常瘋狂。
傑克意識到，這個陰謀比他們想象的還要可怕。
在激烈的交火中，傑克的一名隊員不幸受傷。
為了保護隊友，傑克決定帶領大家撤退。
他們在基地中尋找着出口，同時還要躲避士兵們的追擊。
在撤退的過程中，傑克發現了一個重要的線索。